多囊卵巢综合征（PCOS）是排卵障碍性不孕的常见病因。PCOS由于无排卵，体内低雌激素状态，导致糖原分泌增加、阴道pH值下降，有利于念珠菌生长繁殖，导致“霉菌性阴道炎”发病。此外PCOS患者常常伴阴道不规则流血，使乳杆菌在阴道中的定植能力下降，丰度降低，引起阴道微生态失衡的发生。对于调整阴道菌群，能否降低PCOS的发病风险，尚需进一步的临床研究。

子宫内膜异位症（EMS）是子宫内膜组织种植在子宫腔以外的部位。一种学说认为，月经血通过输卵管逆行到达腹膜后，会释放炎性分子，激活免疫细胞，促进子宫内膜异位炎症和血管形成。20%~50%不孕症患者与EMS有关。与健康女性比较，EMS患者宫颈及阴道的菌群构成存在明显差异，阴道乳杆菌减少，细菌种类增加。阴道菌群失调会导致细菌在腹腔内种植生长，诱发腹腔炎症，刺激EMS的发生发展。此外还有研究提示，有细菌感染的女性，其EMS发病风险是正常人群的2.01倍。

子宫是胚胎种植和胎儿发育的重要场所，宫腔是以乳杆菌为优势菌的多样化定植。正常的生殖道菌群为胚胎植入提供了有利的环境，并且具有抑制细菌增殖和侵袭的能力。子宫内膜非乳杆菌的胚胎种植率，显著低于以乳杆菌为优势菌的妇女。慢性子宫内膜炎多因阴道细菌上行感染所致。此外，还有研究提示生殖道菌群失调引起的免疫异常可能是宫腔粘连形成的机制之一。