女性阴道微生态系统，由阴道内的微生物菌群、阴道结构、内分泌调节、和局部免疫共同组成。阴道并非无菌环境，在宫颈、宫腔、输卵管中均有微生物群的存在，包括乳杆菌、葡萄球菌、链球菌、大肠杆菌等，这些菌群相互协调、相互制约，发挥着重要的生理功能。

菌群比例失衡会增加生殖相关疾病的发生。其中乳杆菌是一种好细菌，通过分解糖原产生乳酸，维持阴道的酸性环境，抑制其他机会性细菌生长，还可以抑制炎症反应。乳杆菌在阴道和子宫的优势地位可为胚胎植入提供良好的环境。

阴道微生物群的组成并不是不变的，受年龄、人种、性激素、遗传和应激等因素的影响，引起阴道局部环境改变，导致阴道微生物群的组成发生变化。

随着对微生物组检测技术的不断进步，越来越多的证据显示，阴道微生态失衡与不孕症的发生存在关联。

输卵管因素是女性不孕是最常见的原因。阴道致病菌繁殖的代谢产物增加，会破坏人体的防御系统，阴道内的细菌沿宫颈黏膜、子宫内膜、输卵管黏膜上行蔓延，引起输卵管炎。

输卵管炎可引起输卵管黏膜粘连，进而导致输卵管粘连、管腔闭锁，影响卵子的运输。生殖道微生物群的不平衡，例如在细菌性阴道病和盆腔炎患者中，观察到阴道异常细菌定植，可能使病原菌更容易上行到上生殖道，引起输卵管性不孕或宫外孕。