试管婴儿双胎的概率相对于自然受孕的双胎明显提高，但临床上关于试管双胎、自然双胎的安全性差异尚存在较大的争议。
众所周知，双胎妊娠及以上的多胎妊娠，与并发症和较差的产科结局显著相关。研究显示，双胎妊娠的早产率高，分娩孕周平均为34 ± 5.2周，出生平均体重为2.3 ± 1.0 kg，而单胎妊娠分娩孕周为38.7 ± 2.4周。出生体重为3.14 ± 0.73 kg。多胎妊娠妇女发生妊娠高血压疾病、贫血、脐带脱垂、胎膜早破、新生儿低Apgar评分、剖宫产率、产后出血和围产期死亡的概率，也明显高于单胎妊娠。因此，多胎妊娠需要更密切的产前和产时护理以改善结局和减少并发症，因此所需的费用也是数倍甚至数十倍的增加。
目前的研究显示，试管双胎与自然双胎的母婴结局基本相当，并不会增加妊娠不良结局、出生缺陷的风险。其围产期和新生儿风险主要是由于双胎导致的，需要予以重视。