脲原体与多种泌尿生殖道感染和妊娠并发症相关。但在这些疾病中的具体作用一直难以明确，可能的原因有二：

一是许多健康的无症状成人也有脲原体的泌尿生殖道定植，但并不发病；二是脲原体并非患者泌尿生殖道标本中分离出的唯一微生物，因此有时难以判断其是病原体，还是仅为共同分离出的微生物。

阴道炎和盆腔炎性疾病

在yin道炎（如细菌性yin道病）患者中，脲原体检出率及负荷量远高于没有yin道炎的女性。盆腔炎患者中，脲原体可直接从受累的输卵管中分离。尽管如此，现有的数据及研究，仍不能认定脲原体是yin道炎或者盆腔炎唯一病原体。

非淋球菌性尿道炎

该病常常表现为尿痛或排尿不适、瘙痒、烧灼感和尿道口异常分泌物。尿道异常分泌物有的为黏液样，有的呈水样至明显脓性，可整日存在或仅存在于首次晨尿时。

一些男性可在晨尿时发现肉眼可见的黏液线。尿道分泌物检查排除淋球菌感染。非淋球菌性尿道炎（NGU） 主要的病因是衣原体感染，其次就是支原体，有研究证实3%~11%的非淋球菌性尿道炎（NGU）病例可能由解脲脲原体所致。

孕期的不良结局及对新生儿的影响

在出现绒毛膜羊膜炎、足月前胎膜早破、足月胎膜早破等孕妇的羊水中，常发现脲原体，所以有观点认为解脲脲原体的感染可以导致孕妇的羊膜腔内感染， 产生众多不良妊娠结局。

宫腔内感染常常是导致早产、低体重出生儿的常见原因，这些小婴儿的肺部疾病（如肺炎、支气管肺发育不全等）、神经系统疾病（脑膜炎、脑室内出血等）消化系统疾患（坏死性小肠结肠炎等）发生率明显增高，所以也有些观点认为，孕妈妈的脲原体感染导致了新生儿的异常。

其实脲原体与孕妇不良妊娠结局、新生儿并发症中间有无因果关系尚存争议，因为脲原体在正常妊娠女性中的定植率也很高，这部分女性并没有发生异常。

所以大多数临床研究认为不需要对孕期下生殖道检查解脲脲原体进行治疗。如果怀疑下生殖道的脲原体感染宫腔，必须检查上生殖道是否有病原体，而不能用下生殖道的检查结果来判断。

对于婴儿无症状，仅脲原体培养阳性是否需要治疗，存在争议，有意见认为此种定植状态无需治疗。如果有其他的感染症状，比如肺部感染，神经系统感染，在选择抗菌素治疗时，需要考虑能覆盖脲原体的治疗。

很多研究显示脲原体可能影响jing子活动度，其原因在于解脲脲原体黏附在jing子上，影响其活力，也有可能是诱导抗jing子抗体的产生原因之一。解脲支原体和jing子活动有一定关系，但未能明确其致病性。