试管婴儿也有可能产生宫外孕。因为精卵受精到胚胎着床，一般需要6-7天的时间，如果在受精第3天，胚胎被移植到宫腔之后，会在宫腔内自由游动3-4天后再一头扎进内膜着床。

这几天里，胚胎有可能四处游荡到输卵管，并在局部种植，就发生了输卵管妊娠，也就是宫外孕。

孕卵异位着床部位几率 高者为输卵管，其可能性原因是宫腔环境不良、输卵管炎症、或输卵管功能异常等。试管婴儿发生宫外孕的概率是2-5%。
异位妊娠相关危险因素主要有以下几方面：
1、盆腔及输卵管因素。盆腔因素主要是包括盆腔炎症、支配输卵管蠕动的激素紊乱、宫腔环境不良等因素。其中盆腔炎症 为多见，比如盆腔炎性疾病后遗症，包括输卵管炎、子宫内膜炎、子宫内膜异位症、结核性盆腔炎等。
2、胚胎因素。目前辅助生殖技术的质量标准是单胎、足月、健康的婴儿出生，尽量减少双胎妊娠，杜绝三胎妊娠分娩。如果移植了2个及以上数量的胚胎，胚胎游走到输卵管的机会就增加，选择性单胚胎移植策略，也可降低宫内宫外合并妊娠发生风险。
3、体内激素环境。雌激素、孕激素及雄激素在体内失衡，可影响输卵管的功能及宫腔环境，排卵障碍，如多囊卵巢综合征、无排卵型异常子宫出血，特别是试管婴儿刺激周期，激素水平比正常要高出很多，可能影响受精卵正常着床，增加异位妊娠发生风险。