基于目前的研究，在辅助生殖技术助孕中，影响单卵双胎形成的具体机制，可能存在以下影响因素：
母体年龄
研究表明，随着女性年龄的增加，卵母细胞在减数分裂、透明带等方面发生异常的几率增加，导致单卵双胎的发生率显著提高。
促排卵药物的使用
多项研究结果均表明，促排卵药物的使用是导致单卵双胎的一个重要影响因素，促排卵药物引起的透明带硬化，或者胚胎种植窗延迟可能是主要发生机制。

冷冻与复苏胚胎
冻融胚胎移植妊娠后的单卵双胎发生率增加。关于冻融胚胎移植，其中的温度变化可能是对胚胎影响最大的因素，引起胚胎透明带硬度的改变，造成了胚胎分裂异常的潜在风险。然而在辅助生殖助孕的过程中，从取卵、受精、培养至移植的整个过程，人工环境可能诱导了胚胎发育和维持的异常。
冻融胚胎移植技术为患者提供了择期移植或多次移植胚胎的机会。在冻融胚胎移植技术的应用过程中，应尽可能避免温度的变化对胚胎的影响，减少单卵双胎的发生。

囊胚期胚胎
囊胚培养是对胚胎进行了进一步的筛选，并使子宫内膜与胚胎发育具有更好的同步性，提高了胚胎种植率及临床妊娠率。但是与卵裂期胚胎相比，囊胚期胚胎移植增加了单卵双胎发生的风险。
囊胚期胚胎单卵双胎发生率升高，被认为是与胚胎在体外培养时间的延长有关，增加2天的体外培养导致透明带变厚、变硬、内细胞团溢出等密切相关，内细胞团在失去弹性、质地较硬的透明带缺口上更易发生嵌顿，从而增加单卵双胎形成的几率。
所以，尽管囊胚移植能够明显提高妊娠率，但仍需要不断提高囊胚培养技术、完善囊胚培养体系，以期减少单卵双胎发生率。

不同授精方式（IVF/ICSI）胚胎移植
在卵胞浆内单精子注射 ( ICSI) 技术实施的过程中，人为地改变了透明带结构，使早期连接相对松散的细胞发生了分裂，形成单卵双胎。

然而这一结论目前并没有足够、有力的证据证实。也有研究报道提示，体外受精-胚胎移植 （IVF）和 ICSI 中单卵双胎发生率并无明显差异，ICSI 技术本身并不是造成单卵双胎的主要原因，若 IVF 或 ICSI后进一步行辅助孵化，透明带缺口区域直径增加，或多次透明带操作，可能增加单卵双胎的风险。 
单卵双胎的形成受很多因素的影响，未来还需进行更深入的探索与研究，以期为减少辅助生殖后单卵双胎的发生提供可靠的循证医学证据。