在自身免疫性疾病的患者中，因抗磷脂综合征引起的复发性流产占34%左右。抗磷脂综合征(APS)是由抗磷脂抗体引起的一组反复动脉或静脉血栓、自然流产、抗磷脂抗体阳性、等临床问题的总称，APS可继发于系统性红斑狼疮或者其他自身免疫病，但也可单独出现(原发性APS)。它是育龄期女性复发性流产的常见原因。
抗磷脂抗体是一种以血小板和内皮细胞膜上负电荷磷脂作为靶抗原的自身抗体，是抗磷脂综合征的标志性抗体。抗磷脂抗体包括狼疮抗凝物、抗心磷脂抗体和抗β2糖蛋白抗体等，它们可以导致磷脂依赖性凝血时间延长，体内则表现为高凝状态。抗心磷脂抗体能通过血管内皮与磷脂结合，使血管内皮受损，基底胶原暴露，触发内原性凝血系统，导致血管内血栓形成。
怀孕期间，胎儿所需要的养分通过母亲的血管输送，而抗磷脂综合征患者由于体内有很高的血栓形成倾向，在怀孕后营养血管也十分容易发生血栓。一旦血栓形成常常导致胎盘缺血，发生反复流产、胎儿异常或死亡。