染色体和基因异常也会导致男性不育症，随着研究的深入，少精子/无精子症的那些染色体和基因的异常逐渐被我们所认识。

众所周知，认识自我乃是哲学研究的最高目标。哲人蒙田写道：“世界上最重要的事情就是认识自我”。延伸说，医学上最重要的事情就是认识人体和疾病。目前我们对男性不育症这一常见病、多发病的认识远远不够，WHO研究发现不明原因的不育症占70%还多，其中一定有相当的男性未知病因。

这是由于复杂的精子生物学结构和功能造成的，包括精子发生、精子成熟、精子储存、精子排放、精子获能、顶体反应、穿过透明带、精卵质膜的相互作用、精卵激活。虽然随着试管婴儿-单精子卵浆内注射（ICSI）技术的问世，很多“不知所以然”的男性不育症就“稀里糊涂”解决了，但实际上医学界和公众对其遗传风险的担忧并未减低。

有众多基因参与精子发生，比如性腺发育相关基因（WT1，PRDM1），减数分裂相关基因（MLH1，IRF1，SPO11），这些基因变异也会导致无精子症。

医科大学生殖医学国家重点实验室进行的大样本的非梗阻无精症全基因组关联研究，发现了一些易感基因或区域，但是否在精子发生发挥何种作用有待深入研究。随着研究的深入，将会发现越来越多的遗传异常导致的精子发生障碍。