麻醉意外：任何手术都存在麻醉风险，全身麻醉下的腹腔镜手术，在技术高超的麻醉师手里，风险极小。
出血：困难手术中，存在损伤血管出血的风险，严重程度视血管大小及处理方式而定，生殖中心的腹腔镜手术绝大部分很精细，出血量都极小。
周围脏器的损伤：包括对肠道、膀胱、输尿管等相邻器官的操作误伤，发生率极低。
中转开腹手术可能：万一术中发现盆腹腔内情况复杂，腹腔镜手术不能达到预期的效果，或术中出现状况时，需中转开腹进行，以保证手术效果和患者安全。
感染：腹腔镜手术通常采用围手术期的抗生素预防，对感染性疾病的手术，会加强抗生素的使用。
术后肋下和肩痛：一般是由于术中少量气体逃逸并滞留于横隔下，刺激横隔所致，可自愈，无需特殊处理。
对于形态和结构破坏严重的输卵管积水，在术前医生会和患者夫妇充分讨论切除或阻断输卵管的可能，但是任何对输卵管的手术，都必须征得患者夫妇的同意，如果术前不能决定，最好避免手术，姑息保守手术可能遗留隐患，日后病变的输卵管形成巨大积水，被迫还要第二次手术。
对于性质不明的卵巢囊肿，术中将送检快速冰冻病理切片，做出良恶性的初步诊断，但术后将以正式病理报告结果为准，决定下一步治疗方案。
对于巨大的肌壁间肌瘤或粘膜下肌瘤，腹腔镜手术剥除有困难，可能需要经腹手术或者宫腔镜+腹腔镜手术联合完成。
对于不孕症，或合并子宫内膜病变的患者，常常需要宫腹腔镜联合手术。 

腹腔镜手术在不孕症的诊断和治疗中都具有重要的作用。生殖中心的腹腔镜手术室由生殖科医生完成的，他们对不孕病因和未来助孕，有丰富的经验和高超的技巧，腹腔镜的费用较高，在生殖中心的手术不能享受医保，因为不孕相关的诊疗，如输卵管检查和治疗，医疗保险是不能支付的。