与未接种HPV疫苗的女性相比，接种双价HPV疫苗且3个月内受孕女性的流产风险无明显增加。

怀孕期间意外接种双价HPV疫苗的女性胎儿先天畸形和自然流产的发生率与普通人群相比并无差异。

四价HPV疫苗也未被发现增加不良妊娠结局的情况。但有研究发现受孕前或受孕后30天内接种九价HPV疫苗者自然流产风险有所增加。
根据2014年美国疫苗免疫实践咨询委员会（ACIP）和2017年WHO发表的HPV疫苗文件立场，基于妊娠期HPV疫苗接种数据有限，不推荐怀孕期间的女性预防性接种HPV疫苗，应将疫苗接种推迟至产后。

近期计划怀孕者不推荐接种HPV疫苗，在完成最后一剂接种2个月内应尽量避免受孕。
若疫苗接种后发现已怀孕，应将未完成接种剂次推迟至分娩后再行补充接种。

接种HPV疫苗前无需妊娠检测。若在不知道怀孕的情况下完成接种，则无需干预。