遗憾的是，目前75%-90%的患者中，发生卵巢过早衰竭的原因仍然不明。不过已知可引起POI的原因包括： 

第2条X染色体(45,XO)缺失的Turner综合征是引起POI最常见的原因之一；

脆性X染色体综合征 –女性 FMR1基因前突变携带者发生POI的风险升高；

POI相关的体细胞和X染色体基因缺陷包括FOXL2、eIF4ENIF1、STAG3、NR5A1、BMP15、卵泡刺激素(FSH)受体、Gsα和类固醇生成酶基因突变。

然而，多数已知的遗传因素极罕见，在研究之外的情况下，目前根本无法进行大规模遗传筛查；

自身免疫性卵巢衰竭；

毒素–化疗药物和放疗是毒素诱导性卵巢衰竭最常见的原因。