胚停育的原因十分复杂，一半多为染色体非整倍体，另外许多药物和环境因素也是引起早期胚胎死亡或胎儿畸形的重要因素，其他如不良生活习惯、吸烟、酗酒或者多次人流等均影响早期胚胎发育。一般来说导致胎停的主要因素有以下几点：

遗传因素：最多见，如胎儿染色体异常、遗传基因存在缺陷，导致胚胎不能继续发育，这也是人类的一种自然选择机制。

内分泌因素：激素分泌不足难以支持胚胎发育而造成死亡，如黄体功能不全；糖尿病、甲状腺功能障碍等。

免疫因素：如抗心磷脂抗体综合征、系统性红斑狼疮等免疫功能紊乱，导致胚胎发育异常。

子宫因素：子宫腔畸形如单角子宫、子宫纵膈、宫腔粘连等使得胚胎无法生长。

感染性疾病：孕期病毒感染、如风疹病毒，巨细胞病毒等。

物理因素：早孕期接触放射性物质、有毒的化学制剂、高温、过度受刺激等。

男方因素：如精子的非整倍体和基因缺陷等。

一旦胚胎停止发育诊断明确，应尽快终止妊娠，使妊娠物从宫腔内排除，否则长时间的胚停易造成孕妇凝血功能障碍，妊娠物与子宫壁机化包裹，紧密粘连，清宫困难，还易伤及子宫内膜。根据B超检查了解胚胎大小，选择清宫或者钳刮术。建议对胚胎组织行绒毛染色体检查，尽量查找本次胚停育的原因，如有无染色体异常、部分性葡萄胎、绒毛发育异常等，以利于本次胚停原因的分析，和以后的治疗。